Jonas Šimėnas gimė 1953 m. liepos 31 d. Anykščių rajone, Papilių kaime, valstiečių Jono Šimėno (1912–1988) ir Stasės (Januškaitės) Šimėnienės (1916–2014) šeimoje.
1971 m. baigė Viešintų vidurinę mokyklą, 1978 m. Vilniaus universitete įgijo hidrogeologo ir inžinieriaus geologo specialybę.
1978–1980 m. dirbo Lietuvos geologijos valdybos įmonėse geologu, vyresniuoju geologu, padalinio vadovu. 1981–1990 m. atliko Baltijos jūros dugno geologinį kartografavimą ir parengė geologinius žemėlapius.
Buvo aktyvus Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio dalyvis, Gargždų Sąjūdžio iniciatyvinės grupės narys, Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio Seimo narys bei 1988 m. spalio 22–23 d. Lietuvos Persitvarkymo Sąjūdžio suvažiavimo delegatas.
1990 m. vasario 24 d. Klaipėdos rajono Gargždų rinkiminėje apygardoje Nr. 64 išrinktas LTSR Aukščiausiosios Tarybos deputatu. 1990 m. kovo 11 d. balsavo už Lietuvos Nepriklausomos valstybės atkūrimą. Buvo Ekonomikos komisijos narys ir Gamtos apsaugos komisijos pirmininkas. Taip pat buvo Darbo grupės konsultacijoms su Baltarusijos TSR dėl galimų susitarimų politiniais ir ekonominiais klausimais narys, Laikinosios komisijos Lietuvos piliečių, tarnaujančių TSRS ginkluotosiose pajėgose, grąžinimo klausimams spręsti. Nuo 1991 m. gegužės 8 d. priklausė Septintajai, vėliau Nuosaikiųjų frakcijai.
1991 m. stažavosi Švedijos Karalystės parlamente demokratinių sprendimų parengimo ir priėmimo klausimais.
1993 m. tapo Lietuvos krikščionių demokratų partijos nariu, iki 1996 m. buvo partijos sekretoriato vadovas. Lietuvos Respublikos Seimo nario A. Saudargo padėjėjas, Aplinkos ministerijoje rengė Aplinkos apsaugos strategiją. 1994 m. Prancūzijoje stažavo Prancūzijos administracinio teritorinio suskirstymo, valdžių padalijimo ir decentralizavimo klausimais.
1996–2000 m. – Lietuvos Respublikos Seimo narys. 1999 m. stažavo JAV.
2000–2004 m. dirbo Kauno AB „Stumbras“ generalinio direktoriaus konsultantu Biokuro programos klausimais, rekonstruojant Šilutės spirito gamyklą gaminti bioetanolį. 2005–2008 m. dirbo Lietuvos biomasės energetikos asociacijos „Litbioma“ direktoriumi. Tuo pat metu buvo ir UAB „Bionovus“ Mokslinių tyrimų departamento direktoriaus pavaduotojas.
2008–2012 m. Lietuvos Respublikos Seimo narys, Aplinkos apsaugos komiteto pirmininkas.
Priklausė nevyriausybinių organizacijų Lietuvos geologų sąjungai, buvo organizacijos „Už pilietinę visuomenę“ narys, choro „Ave vertum“ steigėjas ir narys, Vilniaus anykštėnų sambūrio narys. Nepriklausomas visuomeninis konsultantas darniam vystymuisi.
Su žmona Vyda Jadvyga (Balcevičiūte) Šimėniene užaugino sūnus Paulių, Liutaurą ir Joną.
Lietuvos valstybės atkūrimo dešimtmečio proga apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu.
Lietuvos Respublikos šimtmečio proga J. Šimėnas apdovanotas Anykščių rajono savivaldybės įsteigtu „Šimtmečio anykštėno“ atminimo ženklu.
Lietuvos Nepriklausomybės Akto signataras Jonas Šimėnas mūsų atmintyje išliks kaip žymus valstybininkas, visas savo jėgas skyręs Lietuvos valstybės kūrimui ir jos stiprinimui, savo asmeniniu pavyzdžiu skatinęs visuomenės pilietiškumą, dalinęsis atjauta ir dėmesiu artimui.
Urna su Velionio palaikais bus pašarvota Šv. Jono Krikštytojo ir Šv. Jono apaštalo ir evangelisto bažnyčioje (Šv. Jono g. 12, Vilnius). Atsisveikinimas su Velioniu – kovo 16 d. nuo 17.00 iki 21.00.val. Kovo 17 d. – nuo 9.00 iki 10.00 val. Urna išnešama kovo 17 d. 10 val.
Laidotuvės vyks Anykščių rajono Viešintų seniūnijos Papilių kapinėse 12.00 val.
Valstybinė laidojimo komisija
